Etik
Samlingen blev etableret med et ædelt sigte: Gennem en større sygdomsindsigt at hjælpe nogle af de svageste i vores samfund. Dette foregik i overensstemmelse med datidens etiske normer.

Etisk Råd og Den Centrale Videnskabsetiske Komite har flere gange vurderet samlingen positivt. Primo 2006 har begge instanser bekræftet, at det er etisk forsvarligt at anvende hjernesamlingen videnskabeligt. Se udtalelse fra Etisk Råd her, og fra Den Centrale Videnskabsetiske Komite her.

Dette blev bakket op af daværende indenrigs- og sundhedsminister Lars Løkke Rasmussen (V). Det blev særligt fastslået, at det ikke er etisk korrekt uopfordret at kontakte nulevende pårørende med henblik på at få deres tilladelse til at benytte væv fra hjernesamlingen i forskningsprojekter. Alle konkrete projekter skal naturligvis godkendes etisk af de lokale videnskabsetiske komiteer, før væv fra hjernesamlingen kan anvendes.

Som ansvarlig for hjernesamlingen bør Center for Psykiatrisk Grundforskning  sikre, at de indsamlede hjerner på optimal vis benyttes til at skabe ny viden om psykiatriske sygdomme og derved kommer de nulevende patienter bedst muligt til gode.

Jura
Hjernerne blev indsamlet, undersøgt og gemt i overensstemmelse med datidens regler for lægevidendskabelige obduktioner (hospitalsobduktioner). Indtil 1967 blev obduktionerne praktiseret i henhold til Justitsministeriets skrivelse nr. 395 af 5.12.1913 til Sundhedsstyrelsen. Med Lov om udtagelse af menneskeligt væv mv. (lov nr. 246 af 9.6.1967) indførtes i 1967 en egentlig lovregulering vedr. lægevidenskabelige obduktioner og i den forbindelse udtagelse af væv mv. Loven var gældende indtil 1990, hvor den blev erstattet af lov om ligsyn, obduktion og transplantation mv. (lov nr. 402 af 13.6.1990).
Bestemmelserne om lægevidenskabelig obduktion findes i dag i sundhedslovens § 187.

Hjernesamlingen er i henhold til § 45, stk. 1, jf. § 43 i persondataloven (lov nr. 429 af 31.5.2000), anmeldt til Datatilsynet som biobank med forskningsformål (Link til Datatilsynet her; søg på Journalnr.: 2005-53-1251). Der foreligger tilladelse til at opbevare hjernevæv samt tilhørende dokumentation, herunder videnskabelige grunddata,  frem til 2030.